后期的科举制度使儒学成为统治者奴化臣民的工具；官僚队伍壮大，但导致从事科学技术研究的人才力量相对薄弱。
随着科举制度的发展，特别是在封建社会下，科举制度也会产生一些消极的影响。
本来对于科举制度动手会是一个很艰难的事情，可顶不住皇帝是朱棣，和文官集团的头头脑脑都看了未来画面。
在他们的强力之下，科举制度开始了迅速之中变革。
首先原本明朝的学校包括两大基本系统：在中央一级，即所谓的京师首善之区有国子学；在地方一级，按照行政区划，其级别依次为府、州、县学。国学由三个分支即南京国子学、中都国子学、北京国子学。国子学中的学员一般来自官僚子弟和平民中的德艺优秀者。
在这基础之上，根据江晨给予的相关资料，朱棣开始将学校分为国学，府学，州学，县学，以及蒙学，分别对应现代的学前教育，小学，初中，高中，大学，其中学前为蒙学，县学为小学，州学为初中，府学为高中，大学为府学与国学。
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