“苟群臣殚心为国，朕何事乎内臣”（《明史·宦官传》），就这样直到明朝灭亡。
东厂的首领称为东厂掌印太监也称厂公或督主，是宦官中仅次于司礼监掌印太监的第二号人物。
通常由司礼监中排名第二或者第三的秉笔太监担任，其官衔全称为“钦差总督东厂官校办事太监”，简称“提督东厂”。
东厂的属官有掌刑千户、理刑百户各一员，由锦衣卫千户、百户来担任，称贴刑官。
除此以外，设掌班、领班、司房四十多人，由锦衣卫拨给，分为子丑寅卯十二颗，颗管事戴圆帽，着皂靴，穿褐衫。
其余的人靴帽相同，但穿直身。
具体负责侦缉工作的是役长和番役，役长相当于小队长，又叫“档头”，共有一百多人，也分子丑寅卯十二颗，一律戴尖帽，着白皮靴，穿褐色衣服，系小绦。
役长各统帅番役数名，番役又叫“番子”，又叫“干事”，这些人也是由锦衣卫中挑选的精干分子组成。
东厂不仅在机构及人员配置上更加精干合理，而且在侦缉行动上制订了相当严密的制度。如每月初一东厂都要集中布置当月的侦缉工作，厂役在东厂内抽签决定所负责的地盘。
在文献记载中可以发现，东厂厂役的工作种类都有特殊的名称。
例如监视朝中各部官员会审大狱及锦衣卫拷讯罪犯者名为“听记”，在各处地方官府访缉者名为“坐记”，还有某位官员有何举措，或某城门捕得要犯，胥吏记录上报东厂者名为“打事件”。
东厂第一任厂主已不可考，《明史·成祖三》记载“是年，始设东厂，命中官剌事。”
明代大太监王振、刘瑾、冯保、魏忠贤都曾统领东厂。
到了明末，东厂也有了自己的监狱。