的各国首脑变成变种人。
金刚狼和X战警一起毁灭了万磁王的阴谋，然后把万磁王关在了塑料监狱里。
罗根为了找回自己过去的记忆离开了X教授的学校，隐姓埋名前往艾卡里湖工业中心，另一边，人类议会正忙于重建在变种人大战中受到重创的自由女神像，万磁王则继续在X教授精心打造的塑料监狱中服刑。
在一次针对美国总统的惊天刺杀行动中，具有瞬间移动和隐性能力的新类型变种人--蓝魔鬼的现身，不但再度引起政府和社会上对变种人的抵触情绪，更掀起了一场来势汹汹动机不纯的反变种人运动。
在白宫内，一向敌视变种人威廉·史崔克将军与参议员罗伯特·凯利，正与总统筹划展开针对变种人总部X学院的武力行动。而总统身边的助手，秘密化名安妮·瑞诺德斯的变种人--死亡女，也有着不为人知的秘密打算。
X教授这边，金刚狼在艾卡里湖的调查一无所获，只有先返回X学院助阵。集合了力量的X教授希望通过自己的超能力，找到刺杀总统的新类型变种人蓝魔鬼。
但是，蓝魔鬼的特殊能力使他散发出的变种人信号非常微弱，连X教授也无法找到他的确切位置，只能模糊地感觉到其人应该身处波士顿附近。
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